Nueva herramienta para la visualización de redes biológicas

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El artículo publicado en la revista Complexity “A structural Approach to Disentangle the Visualization of Bipartite Biological Networks”, del que son autores profesores de la ETSIAAB de la UPM, de la Universidad Francisco de Vitoria y de la U-TAD, muestra una nueva visualización que permite explorar y desenredar las redes de interacciones ecológicas entre las plantas y sus polinizadores. Se han diseñado dos nuevas herramientas para poder visualizar dichas redes.

01.03.18

El estudio de las redes complejas se está convirtiendo en una herramienta fundamental para la investigación de las interacciones biológicas. En particular el estudio de las redes complejas entre las plantas y sus polinizadores o de sus dispersores de semillas ha permitido comprender de manera global la importancia de especies que pensábamos colaterales pero que fueron fundamentales en las extinciones de algunos sistemas.

En este trabajo de investigadores del grupo de Sistemas Complejos de la UPM, el departamento de Computer Science de la Universidad Francisco de Vitoria y de la U-TAD se ha diseñado y desarrollado dos nuevos tipos de visualizaciones usando una técnica clásica de la teoría de grafos, la descomposición k-core. Este trabajo permite dar una visión complementaria de la estructura interna de la red especialmente buena cuando el número de nodos bastante alto. La primera visualización, denominada Polar Plot, trabaja reduciendo la información de las nuevas magnitudes en un único gráfico, mientras que la segunda visualización, Ziggurat Plot, permite una mejor visión de la conectividad gracias al agrupamiento espacial.

El software programado en R está disponible de manera gratuita en dos versiones. En un paquete, kcorebip, que se puede instalar fácilmente en R. Y en una aplicación interactiva, BiparGraph, que permite generar las redes de manera sencilla para un público menos experto en la programación y que además se puede aplicar fácilmente en el caso de la docencia. Todo el software está disponible en https://github.com/jgalgarra/bipartitegraph

El artículo ha sido publicado en la revista Complexity Volume 2018 (2018), Article ID 6204947, 11 pages. https://www.hindawi.com/journals/complexity/2018/6204947/

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